Die Sicherheit der anlegenden Schiffe liegt der Flensburger Hafen GmbH seit jeher am Herzen. Dies gilt sowohl für das Abfertigen von Frachtschiffen, aber auch seit 2005 mit dem erstmaligen Einlaufen der MS Bremen und der MS Europa für einlaufende Kreuzfahrer.
Mit Inkrafttreten des ISPS-Codes wurden hier alle Maßnahmen ergriffen, um die vorhandenen Hafenanlagen als sichere Einrichtungen von der zuständigen Landesbehörde zertifizieren zu lassen.